O município de Anhembi foi fundado pelos Bandeirantes, à margem esquerda do Rio Tietê. A febre de ouro, o apresamento de indígenas, a busca dos caminhos para as minas de ouro do Sabarabussu e outros motivos fizeram, das Entradas e Bandeiras, importante capítulo histórico. Por outro lado, vindo das Minas Gerais, trazendo, no lombo do burro, seus produtos, os tropeiros tinham, na região, uma trilha aberta que chegava até o Paraná, rumo ao sul do país (Santa Catarina e Rio Grande do Sul).
Uma ponte sobre o rio Tietê facilitava a travessia no local, onde os tropeiros encontravam pouso. Anteriormente conhecido como Correnteza Torta, o local passou a ser chamado de Capela de Nossa Senhora da Ponte do Rio Tietê, devido à construção de uma capela em homenagem a Nossa Senhora.
Antônio Rodrigues Ponce fez uma doação de 8 alqueires à Igreja Católica, como patrimônio da padroeira, cuja escritura foi provida 28 anos depois em tabelionato da cidade de Botucatu, pertencente, na época, à Comarca de Itapetininga.
A padroeira de Anhembi é Nossa Senhora dos Remédios.
O desenvolvimento do povoado foi marcado por esse comércio interestadual feito pelos tropeiros, e inaugurou o processo político-administrativo local. Inicialmente, em 20 de fevereiro de 1866, passou a freguesia do município de Botucatu e, mais tarde, em 8 de julho de 1867, foi transferido para o município de Constituição, atual Piracicaba.
A freguesia voltou a ser incorporada ao município de Botucatu em 9 de julho de 1869 e, em 15 de abril de 1891, foi transformada em vila. Em 12 de junho de 1934, a sede do município foi transferida para Piramboia e a cidade retornou à condição de distrito, o que perdurou até 24 de dezembro de 1948, quando o município adquiriu definitivamente sua autonomia.
Os indígenas davam, ao rio Tietê, a denominação de "Anyemby" que, em português, significa rio dos Anhambus (ave abundante na região em épocas passadas). Este foi o motivo do nome da cidade.
